La idea de crear un Parque de Reserva Ecológica cordillera del Cóndor, extensa región donde la línea de frontera no estaba delimitada, nació como un sueño utópico e irrealizable en 1991, cuando Fundación Natura, la Federación Shuar y otras organizaciones del Ecuador y Perú, formularon el planteamiento como una salida viable al centenario conflicto ecuatoriano - peruano.
La cordillera del Cóndor, región poco conocida que, se intuía, seria importante para la conservación de la naturaleza, empezaba a ser considerada más como el patrimonio común de las futuras generaciones de ecuatorianos y peruanos, que como un botín de guerra.
Las negociaciones concluyeron cuatro años después con la firma de los Acuerdos de Paz con el Perú, uno de los que recoge, de manera parcial y limitada el planteamiento del Ecuador.
El Parque Binacional El Cóndor, oficialmente se creó con la expedición de un decreto Ejecutivo el cuatro de julio de 1999, con una extensión de 2.440 hectáreas, ubicadas entre las jurisdicciones de las provincias de Morona Santiago y Zamora Chinchipe, al sureste de nuestro país.
La cordillera del Cóndor ha sido descrita como uno de las más ricas en especies de flora y fauna en relación con el área que ocupa y, en especies animales, especialmente en las partes altas. La cordillera del Cóndor tiene una historia geológica más antigua que la de los Andes, pues su origen se remonta a la era jurásica, anterior a los últimos eventos migratorios de fauna al continente Sudamericano.
Los especialistas han señalado que la cordillera del Cóndor podría poseer la flora más rica que cualquier otra área de similar tamaño en el Nuevo Mundo. Igualmente, la peculiar combinación de hábitats e historia geológica, ha originado varias especies únicas de fauna. La región tiene una significativa importancia para la conservación, gracias a su gran diversidad biológica, endemismo y por constituir un refugio ideal para muchas especies.
En el Cóndor se han registrado 127 especies de mamíferos, Los anfibios, en todo el mundo se encuentran en franco proceso de extinción y se estima que solo en el Ecuador 23 especies ha sido ya extintas o se hallan al borde de ella. Es posible que otras 50 especies, estarían sufriendo disminuciones de importancia y en los próximos años podrán considerarse en peligro crítico. Los estudios en el área reportan 22 especies del reino animal.